Die Saison 2006/07 war die dritte Spielzeit der Fußball-Regionalliga der Frauen als dritthöchste Spielklasse. 48 Mannschaften spielten in vier Gruppen um den Aufstieg in die 2. Bundesliga bzw. gegen den Abstieg in die Verbands-/Oberliga. Da der Regionalverband Süd keine Regionalliga stellte, wurde ein fünfter Aufsteiger durch eine Aufstiegsrunde zwischen den Oberligen Baden-Württemberg, Hessen und Bayern bestimmt.
Nord
Meister der Nordgruppe wurde der FFC Oldesloe 2000. Die Abstiegsplätze belegten die SG Schamerloh und der MTV Wolfenbüttel.
Nordost
Meister und Aufsteiger wurde der 1. FC Union Berlin, wohingegen die dritte Mannschaft des 1. FFC Turbine Potsdam und der Chemnitzer FC abgestiegen sind.
West
Meister und Aufsteiger wurde die zweite Mannschaft des FCR 2001 Duisburg. Die Abstiegsplätze belegten der FSC Mönchengladbach, die SV Hemmerden und die Ratingen 04/19. Außerdem stieg die zweite Mannschaft des FFC Heike Rheine ab.
Südwest
Meister und Aufsteiger wurde der SV Dirmingen. Die Abstiegsplätze belegten Rot-Weiß Göcklingen und die SV Obersülzen.
